1. Ilmanlaatu: Kapselihotellin pienen tilan vuoksi ilmanvaihto ei ole helppoa, mikä voi helposti johtaa ilmanlaadun heikkenemiseen, mikä lisää matkustajien hengenturva- ja terveysriskejä.
2. Yksityisyysongelmat: Koska kapselihotelli on per henkilö, saattaa ilmetä turvallisuus- ja yksityisyysongelmia.
3. Tilat ja varusteet: Kapselihotellien käyttö on hyvin pientä, ja tilan vähentämiseksi jotkin tilat ja varusteet ovat liian yksinkertaistettuja, mikä ei välttämättä vastaa matkustajien tarpeita.
